吃蔬果雖有益健康，但氮肥使用過量，存在於葉菜中的硝酸，會誘發食道癌、胃腸癌及肝癌等疾病。

台大園藝系教授鄭正勇指出，如果沒有氮肥，農作物就不會生長，但是任何含氮的有機物或化學肥料在土壤中均會先被分解氧化成分子量較小硝酸根離子，一般人常稱為硝酸離子或硝酸鹽。動物若食用含硝酸鹽過多的植物，可能引起或輕或重毒害，最顯著的例子就是嬰兒在攝取大量的硝酸鹽後引起「藍嬰症」，會造成寶寶呼吸困難，甚至窒息。

由於世界各國對蔬菜硝酸鹽的含量已逐漸訂出規範，但所定標準因各國所處的地帶或日夜長短而有不同，如歐洲國家對大部分蔬菜只要求一千五百至二千 ppm，但是最近大陸所做規範要求更嚴格，將大部分蔬菜定在四百五十 ppm 以下，這是非常高的標準，可是台灣到目前為止，仍未重視此問題。在冬天，部分蔬菜所含硝酸鹽量甚至高達三千至四千 ppm。

先進國家都已陸續規範蔬菜硝酸鹽的濃度以保護消費者，例如德國規定，供嬰兒食用的菠菜中，硝酸鹽的含量不得高於250ppm。世界衛生組織 (WHO) 公佈的安全劑量則以每公斤體重每天攝取量為3.65毫克為準，也就是一個體重60公斤的人，每天可食用220毫克左右的硝酸鹽。因此若以每天食用半斤（三百公克）的蔬菜計算，蔬菜中硝酸鹽含量不得高於670 ppm，若食用四百公克，含量應在500 ppm 以下。

中研院院士，也是國家癌症研究組主任彭汪嘉康認為，過去我國未對葉菜類硝酸鹽訂定規範，主要是因為大部分的農民仍是用動物糞便做肥料，很少用化學肥料。近年來，用化學氮肥的情形才比較多，唯硝酸鹽致癌的風險是長時間累積才可能發生，所以她不建議小朋友吃素，因為小孩吃素危險性較高，生長所需的營養素也會因此不足。